儘管獲得高度民意支持，國際社會也多予以肯定，但馬英九的執政之路是否能一路順遂、帶領台灣走出新局？幾項包袱與挑戰，是馬英九的政績成敗關鍵。

一、國民黨獲得國會及總統大選，掌握總統府、行政院、立法院的中央大權於一身，形成「完全執政」局面，不免令人擔憂浮現「大黨傲慢」的缺陷。儘管馬英九與國民黨主席吳伯雄多次強調，「完全執政」意味「完全負責」，將沒有做不好的藉口，國民黨也必將禮賢下士，並向在野黨尋求合作、請益。但龐大的黨國機器，如何能有效自我約束與自我監督，將是人民檢視馬英九治理能力的重點。

二、過去舊國民黨以「黑金」勢力而惡名昭彰，儘管歷經八年的沉潛、自省與改革，馬英九也不斷強調將建立「廉能政府」、「用人唯德」，但若干來自地方基層派系的黑金舊勢力是否真能徹底配合馬英九高道德的廉能召喚？馬英九又是否能展現魄力、大刀闊斧整頓黨內舊勢力的非法、腐壞之處，徹底改造國民黨？值得觀察。

三、馬蕭團隊以「拚經濟」訴求贏得選民青睞與寄託，但在全球經濟受到美國衰退影響下，中、韓、越等周邊競爭對手又快速興起，與美國經濟關聯頗深的台灣是否有能力獨立重振新局？馬蕭這項重點承諾，將有不小的實踐難度。

四、國際普遍預期，國民黨當選後對陷入冰封的兩岸關係將有回春作用，馬英九的「三不」（不統、不獨、不武）以及開放三通（通商、通郵、通航）的作法，將使兩岸的經貿、文化交流關係更為頻繁。但是馬英九對人權、正義的堅守立場，也深深觸動中共的敏感神經。尤其中共不願停止對法輪功、西藏、維權人士的迫害打壓，對向來遵奉普世價值的馬英九而言，恐將不會對中共妥協。期待「與中國民眾交流、反對中共政權迫害人權」的馬英九，如何走穩未來兩岸關係的每一步，甚至聯合國際力量來牽制中共，將是展現馬英九國際視野與外交手腕的關鍵試煉。

台灣縣市投票分布圖
馬蕭：20縣市
謝蘇：5縣市（雲林縣、嘉義縣、台南縣、高雄縣、屏東縣）