農藥噴灑或工業污染等對環境的破壞，正逐步威脅蜜蜂的生存空間。台灣農委會苗栗區農業改良場蠶蜂課長吳登楨認為，這對野生蜜蜂有絕對的危害，但有「遊牧民族」之稱的台灣蜂農，大多選擇避開可能有危害的農作區，帶著蜂箱去追逐有花、有食物的安全地帶，這對環境品質要求高的蜜蜂，確實是一種保障。

以採蜜為主的亞洲地區，因蜂農遷移蜂箱於不受污染的蜜源植物區，因而沒有發生「蜜蜂消失」的怪異現象。而歐美國家以媒介植物授粉為目的的養殖，蜂農勢必將蜂箱趨近於指定的農作物區，這樣就把蜜蜂送入居民的生活區域、使用藥物及環境遭到破壞的地區，因此對蜜蜂的生存造成莫大的危害。

吳登禎進一步指出，對藥物相當敏感的蜜蜂，在進行採集工作中，只要含一點點藥成份，就能感受到而避開，但較輕微、慢性的部份有可能小比例地被帶回巢中。而被檢驗出藥物反應的相關產品，大多是蜂農治療蜜蜂疾病的殘留藥物比較多，由環境因素引起的藥物反應比較少。他鼓勵蜂農以有機物質代替藥物做防治，才不致有化學物質殘留問題。