农药喷洒或工业污染等对环境的破坏，正逐步威胁蜜蜂的生存空间。台湾农委会苗栗区农业改良场蚕蜂课长吴登桢认为，这对野生蜜蜂有绝对的危害，但有“游牧民族”之称的台湾蜂农，大多选择避开可能有危害的农作区，带着蜂箱去追逐有花、有食物的安全地带，这对环境品质要求高的蜜蜂，确实是一种保障。

以采蜜为主的亚洲地区，因蜂农迁移蜂箱于不受污染的蜜源植物区，因而没有发生“蜜蜂消失”的怪异现象。而欧美国家以媒介植物授粉为目的的养殖，蜂农势必将蜂箱趋近于指定的农作物区，这样就把蜜蜂送入居民的生活区域、使用药物及环境遭到破坏的地区，因此对蜜蜂的生存造成莫大的危害。

吴登祯进一步指出，对药物相当敏感的蜜蜂，在进行采集工作中，只要含一点点药成份，就能感受到而避开，但较轻微、慢性的部份有可能小比例地被带回巢中。而被检验出药物反应的相关产品，大多是蜂农治疗蜜蜂疾病的残留药物比较多，由环境因素引起的药物反应比较少。他鼓励蜂农以有机物质代替药物做防治，才不致有化学物质残留问题。