總統夫人吳淑珍等四名被告就國務機要費案遭檢方起訴貪瀆與偽造文書等罪，12月15日台北地方法院第一次開庭，四人均表明拒絕認罪。12月22日第二次開庭，檢辯雙方就是否「違憲起訴」激辯，最終合議庭仍裁定本案沒有違憲問題，繼續審理，不必聲請大法官會議釋憲；另裁定駁回檢察官至總統府保全證據聲請。

22日國務機要費第二次開庭，被告律師團不滿全案續審，一開庭隨即對審判長蔡守訓的裁定展開程序砲火，要求合議庭提出書面裁定，解釋為何無涉違憲。蔡當庭回應說，自己並非不重視合憲問題，他連「天天作夢，都夢到（違憲）這兩個字」。蔡守訓在庭上也不下數十次地說出「坐下」、「請坐」，甚至不悅的制止律師再就此程序問題論訴。

被告辯護律師強烈質疑檢方是「違憲起訴」，未來總統難免出庭作證，違反憲法第五十二條刑事豁免權的規定。同時總統使用國務費，屬於「統治權」範疇，不是司法應該過問，以免影響權力分立原則。

公訴檢方則主張本案並未逾越憲法去訴究總統，也沒將總統列為被告，辯方律師所稱若傳喚總統則「形式上已將他列被告」的說法並不成立。其他被告既然非屬憲法保 障，自然須受刑事訴追，而非辯方律師所言，可因總統而連帶免受訴究，若是這項論點成立，則只要任何犯罪者，把犯行與總統牽連，就可免於訴追，不但有違憲法 意旨，也將破壞司法威信。

檢方聲稱，陳總統2年前自願為頭目津貼及拉法葉案出庭作證；且陳總統在此案就訊時，檢察官已充分告知他享有憲法第五十二條刑事豁免權，不過陳總統還是堅持應訊。另外，在國務機要費偵查期間，總統也同意接受檢察官陳瑞仁兩度約談。

辯方律師顧立雄則認為，憲法賦予總統刑事豁免權，這項豁免不可揚棄，不是當事人說棄就棄，即便元首聲明揚棄，也不代表這應成為憲政慣例，他們希望全案的憲政爭議釐清前，應暫停審理。

兩位法官日前曾投書媒體指出，應暫停審理國務機要費案，先針對憲法第五十二條的總統刑事豁免權釋憲。司法院長翁岳生對此表示關切，有立委質疑院長立場。

司法院回應，翁是要求法官超然公正，不要公開評論審判中或即將繫屬的具體個案，並無政治動機。

也有人認為主任檢察官張熙懷政治立場遭質疑，應迴避此案。台北地檢署表示，刑事訴訟法只有規定，參與公訴或審理人員中，與被告有親戚關係或自身是被告、受害者，才有迴避的問題。張應否迴避國務機要費開庭，檢察長自有定奪。

總統夫人吳淑珍第一次出庭應訊時中途昏厥，被緊急送往台大醫院，之後一直住院觀察。在第二次開庭的前一天傍晚，請律師送出請假陳報狀及台大醫院診斷證明書向法庭請假。台大醫院指出，吳淑珍由於脊髓損傷，嚴重癱瘓，導致了自主神經失調，很容易就會出現姿勢性低血壓的問題，只要坐太久，甚至上廁所，腦部血液不足，可能失去意識。

檢方表示若醫師評估吳淑珍短期內不適合出庭，將建議審判長與律師團商訂出合情、合理的出庭日，以免審判一再延宕，但先決條件還是以吳淑珍的健康考量為優先。

第二次開庭，申請進入法庭旁聽的民眾比起上回明顯減少，從第一次的856人掉到97個人。