总统夫人吴淑珍等四名被告就国务机要费案遭检方起诉贪渎与伪造文书等罪，12月15日台北地方法院第一次开庭，四人均表明拒绝认罪。12月22日第二次开庭，检辩双方就是否“违宪起诉”激辩，最终合议庭仍裁定本案没有违宪问题，继续审理，不必声请大法官会议释宪；另裁定驳回检察官至总统府保全证据声请。

22日国务机要费第二次开庭，被告律师团不满全案续审，一开庭随即对审判长蔡守训的裁定展开程序炮火，要求合议庭提出书面裁定，解释为何无涉违宪。蔡当庭回应说，自己并非不重视合宪问题，他连“天天作梦，都梦到（违宪）这两个字”。蔡守训在庭上也不下数十次地说出“坐下”、“请坐”，甚至不悦的制止律师再就此程序问题论诉。

被告辩护律师强烈质疑检方是“违宪起诉”，未来总统难免出庭作证，违反宪法第五十二条刑事豁免权的规定。同时总统使用国务费，属于“统治权”范畴，不是司法应该过问，以免影响权力分立原则。

公诉检方则主张本案并未逾越宪法去诉究总统，也没将总统列为被告，辩方律师所称若传唤总统则“形式上已将他列被告”的说法并不成立。其他被告既然非属宪法保 障，自然须受刑事诉追，而非辩方律师所言，可因总统而连带免受诉究，若是这项论点成立，则只要任何犯罪者，把犯行与总统牵连，就可免于诉追，不但有违宪法 意旨，也将破坏司法威信。

检方声称，陈总统2年前自愿为头目津贴及拉法叶案出庭作证；且陈总统在此案就讯时，检察官已充分告知他享有宪法第五十二条刑事豁免权，不过陈总统还是坚持应讯。另外，在国务机要费侦查期间，总统也同意接受检察官陈瑞仁两度约谈。

辩方律师顾立雄则认为，宪法赋予总统刑事豁免权，这项豁免不可扬弃，不是当事人说弃就弃，即便元首声明扬弃，也不代表这应成为宪政惯例，他们希望全案的宪政争议厘清前，应暂停审理。

两位法官日前曾投书媒体指出，应暂停审理国务机要费案，先针对宪法第五十二条的总统刑事豁免权释宪。司法院长翁岳生对此表示关切，有立委质疑院长立场。

司法院回应，翁是要求法官超然公正，不要公开评论审判中或即将系属的具体个案，并无政治动机。

也有人认为主任检察官张熙怀政治立场遭质疑，应回避此案。台北地检署表示，刑事诉讼法只有规定，参与公诉或审理人员中，与被告有亲戚关系或自身是被告、受害者，才有回避的问题。张应否回避国务机要费开庭，检察长自有定夺。

总统夫人吴淑珍第一次出庭应讯时中途昏厥，被紧急送往台大医院，之后一直住院观察。在第二次开庭的前一天傍晚，请律师送出请假陈报状及台大医院诊断证明书向法庭请假。台大医院指出，吴淑珍由于脊髓损伤，严重瘫痪，导致了自主神经失调，很容易就会出现姿势性低血压的问题，只要坐太久，甚至上厕所，脑部血液不足，可能失去意识。

检方表示若医师评估吴淑珍短期内不适合出庭，将建议审判长与律师团商订出合情、合理的出庭日，以免审判一再延宕，但先决条件还是以吴淑珍的健康考量为优先。

第二次开庭，申请进入法庭旁听的民众比起上回明显减少，从第一次的856人掉到97个人。